Bioinformatics-code

My codes 2023/10/30下午

TCGA数据处理使用说明

采用DESeq2包进行数据处理

设置工作路径,例如:"/home/user/TCGA_data"

需要在TCGA下载数据(https://portal.gdc.cancer.gov/):

gdc_sample_sheet.20xx-xx-xx.tsv
metadata.cart.20xx-xx-xx.json
gdc_download_20xxxxxx_xxxxxx.tar.gz
将gdc_download_20xxxxxx_xxxxxx.tar.gz解压到当前工作路径

修改代码中默认的工作路径为实际工作路径,例如:

work_dir = "/home/user/TCGA_data"

随后运行代码进行数据处理。

GEO数据处理使用说明:

采用limma包进行数据处理

在getGEO函数中填入需要分析的GSE ID,替换示例中的GSE1402。

根据数据集的样本信息,修改step3中的分组代码,生成自己需要的分组方式。

运行代码,即可得到该GSE数据集的PCA结果,差异表达基因列表,以及GO和KEGG富集分析结果。

代码提供了完整的分析流程,结果可直接用于发表。