plot_elastic_weights.py

"""
Plot weights resulting from an Elastic Net analysis
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Note that only the 50 most important weigths are shown 
"""
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# We look at the" effect of the alpha parameter on 
# the weights returned by the elastic net analysis
from gdsctools import *

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# First we alpha=0.01
gd = GDSCElasticNet(ic50_v17, gf_v17)
drugid = 1047

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# Find best model and corresponding alpha
res = gd.runCV(drugid, kfolds=10)
best_alpha = res.alpha

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# Plot weights of best model
best_model = gd.get_model(alpha=best_alpha)
gd.plot_weight(drugid, model=best_model)

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# increasing alpha 
model1 = gd.get_model(alpha=best_alpha*10.)
gd.plot_weight(drugid, model=model1, fontsize=9)

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# decreasing alpha
model2 = gd.get_model(alpha=best_alpha/10.)
gd.plot_weight(drugid, model=model2, fontsize=9)